Jaap Scheerens studeerde onderwijskunde en psychologische methodeleer. Hij werkte ondermeer als evaluatieonderzoeker bij de Stichting Proefprojecten Open School en als coördinator onderzoeksbeoordeling bij de Stichting voor Onderzoek van het Onderwijs (SVO). Vanaf 1986 tot 2011 was hij hoogleraar onderwijskunde, in het bijzonder op het terrein van Onderwijsorganisatie en –management, aan de Universiteit Twente. In de periode van 1994 tot 2003 was hij wetenschappelijk directeur van de Onderzoekschool ICO, en van 1988 tot 1998 directeur van het OCTO, het facultair onderzoeksinstituut van onderwijskunde in Twente. Hij gaf leiding aan een onderzoekprogramma op het terrein van onderwijs effectiviteit.